由于农村集体经济组织成员身份的制约，农村土地承包经营权流转在实际的运行中往往呈现出多方面的矛盾和困境，总结起来，主要体现在以下方面：

一、权利固化与人口流动和身份变动之间的矛盾

在中国的现行法律下，土地承包经营权被固化在具有本集体经济组织成员身份的农户和农户成员身上。而农户或者农户家庭成员一旦丧失本集体经济组织成员身份，将导致其已经取得的土地承包经营权的丧失。随着农村社会经济的发展，农村人口的流动和非农就业的增加将更为普遍，在农户与农户之间、不同农村集体经济组织之间、以及农村集体经济组织与非农村集体经济组织之间，人口的流动以及随之发生的人口的身份的变动也将成为必然。现有制度构建下的土地承包经营权的固化，必然与权利主体的流动及其身份变动产生难以调和的矛盾。

二、土地利用效率与生存保障功能之间的矛盾

土地承包经营权对农民来说，不仅是一种用益物权，更是一种生存保障权。随着农民生存状况的改善和农村经济社会条件的变化，由于法律对权利人流转和处分土地承包经营权进行种种限制所导致的结果就是：现有土地承包经营权制度所努力兼顾的土地利用与保障农民生存目标之间的矛盾逐步显现，且越来越难以调和。

现有法律在促进土地利用效率与保障农民生存之间的矛盾，不仅使土地承包经营权的财产价值难以充分实现，也很可能使农民陷入“有财产而无资本”或者“财产无法资本化”的境地。这种封闭性的制度设计实际上强化了农民职业的身份性，不利于农村劳动力的解放和农民个性人格的自由发展。随着农村经济社会情况的进一步发展变化，特别是农民向第二、三产业转移步伐的加快，这种土地利用与土地权利限制之间的矛盾会更为突出。

三、权利稳定与权利平等之间的矛盾

实践表明，土地承包经营权一直欠缺稳定性，地权稳定与地权平等的矛盾成为家庭承包经营制度实施中的突出问题。频繁的承包地调整现象，自家庭承包制确立之初到现在，就一直在农村集体经济组织内部存在着。

稳定性、可预见性是财产权实现其价值和资源优化配置的基础。承包地的频繁调整，导致土地权利的不稳定，使农户对土地难有长期的投入，土地流转难以充分展开又使土地的规模经营和集约经营受到制约。在现有的制度下，长期土地使用权与经常性土地调整带来的地权不稳定之间的矛盾难以消除。

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