普通的除草剂打在田地一般需要6到7天才可以挥发掉，半个月后就会失效。有些毒性比较强的除草剂，需要几年才会失效。
农田喷施除草剂后，不被杂草吸收的的除草剂成分会游离存在于土壤中。农作物就会吸收并积蓄除草剂，其生物组织会遭到一定程度的破坏，无法合成其应具备的某些营养元素，从而导致作物果实中的某些营养成分缺失。
除草剂在正常用量情况下，对小麦、玉米、大豆、棉花等作物都有一定的抑制作用，若使用不合理，影响农作物正常发育和成熟，导致隐性减产。湖南省研究试验表明，除草剂副作用可导致水稻、小麦、大豆、玉米减产10.5%~26.8%。
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