必须清醒认识的是，当前推开的土地确权，既不是土地所有制度的变革，也不是承包关系的重新调整，只是对现有承包关系的稳定。2009年中央一号文件就明确提出，“严禁借机调整土地承包关系，坚决禁止和纠正违法收回农民承包土地的行为”， 这个要求在之后的政策中都得到贯彻。可见确权是对现有土地承包关系的“拨乱反正”，是对集体土地所有权和农民土地承包经营权的再明确。在此，就出现了三个矛盾：

　　一是确权的主体问题。确权是产权的厘清，这是市场体制的基础。土地确权有三个主要内容，一是所有权的确定，即集体经济组织，主要是以行政村、自然村、生产队的集体土地与国有土地产权的明晰，以及相关集体经济组织之间集体土地的界限确定;二是农民与集体土地的承包关系的明确;在某种程度上，也包含第三个内容，也就是农民对集体土地承包权的重新确认。实施确权的主体是县级政府，如果按照市场理论来说，政府与集体经济组织，甚至农民个体来说，都是平等主体，只不过是具有权威性和强制力的主体。如果说在明确集体土地所有权限和农民承包权力、承包关系上，可以充当无直接利益的公正第三方，或者说是权威主持人的话，那么在国有土地与集体土地的确权上，县级政府是县域国有土地的实际拥有人，是利益相关方，至少从理论上，存在着利已可能，或者说有利已的嫌疑。

　　二是确权的时限问题。确权后的土地承包时限，已经由之前的“长期”修改为“长久”，但长久到底比长期长多少?以前“承包关系长期不变”，至少可以理解为比《土地承包法》规定的“三十年”要长，长久比长期是长十年、二十年，甚至五十年、一百年，很少有人说得清。这就类似借贷合同没有写还款时限，在借贷中出现此类事件，出借方是可以随时要求借款方履行还款义务的。在现有政策框架下，当然几乎不可能出现集体中止与农民承包合同的现象。但给农民的信心仍然是不确定的，因为“长久”的具体时限，取决于决策者对其的理解，作为出包人的集体与承包人的农民完全没有决定权。时限的模糊，势必影响农民的投资信心，和承包权财产属性的实现。

　　三是确权实质不确权的问题。确权中最基本、难度最大的是承包权确权，事实上是确认土地承包关系而不是确认承包权力。当前明确土地承包权有两种形式，就是“确权确股不确地”和“确权确地”，似乎能很好地解决当前承包中的问题。但二轮土地承包初期，因为税费较重，存在农民放弃承包权没有承包土地的现象，这在欠发达地区表现得比较突出，在部分村没有承包土地的人口甚至接近或者超过一半。当时由于客观原因放弃承包权不代表他们不享有承包权，而且按照当时法律政策，承包期限是三十年，即使在三十年内无法享有承包权，但三十年后总该享受承包权。但确权显然会固化这种现象，当初没承包的可能“长久”享受不到土地承包权。况且从二轮承包之后，村内、队内人口发生了相当大的变化，人口出生死亡、迁入迁出，新增人口的土地承包权利能不能实现，退出人口土地承包权利该不该收回，显然以二轮土地承包为依据，甚至以八十年代联产承包为起点，都难以解决。在荒山荒坡荒地承包权方面，基本上是有偿承包，只有当时有远见、有资金的部分农民参与了承包，承包面积还都比较大，少则几十亩、多的成百上千亩，期限短则15、30年，长则50、70年，确权后村民享有的土地承包权的大小，差距悬殊。