设有抵押权的房屋，是指房屋所有人以其所有的房屋作为抵押标的物，向抵押权人设定抵押。根据《担保法》第49条，第51条，最高人民法院《关于适用<中华人民共和国担保法>若干问题的解释》第80条，《城市房地产抵押管理办法》以及《物权法》的相关规定，结合征收实际，对设有抵押权的房屋进行征收时，应当按以下程序进行补偿和安置：
首先要认定抵押的效力，并及时通知抵押权人。抵押标的物的灭失，将直接影响抵押权人的利益，因此，征收人一旦发现被征收范围内的房屋有已设立抵押的，应当将征收的情况及该房屋的补偿安置情况及时通知抵押权人；
对采取产权调换方式进行征收补偿的，应当由抵押权人和抵押人（即被征收房屋的所有权人）就抵押人新换的的房屋重新签订房屋抵押协议；
采取货币补偿方式进行征收补偿的，由于货币补偿是一种买卖的房屋变价，是一种征收人支付现金补偿后注销房屋产权的方法，必然导致抵押标的物的灭失，影响抵押权人的合法利益。
为保证以房屋担保的债权债务关系不受房屋征收的影响，保护抵押权人的合法利益，抵押权人可以行使代位求偿权，将抵押房产的征收补偿款或提前清偿债务，或提存。当然，也可以由抵押人在房屋征收之前与抵押权人以别的标的物重新设立抵押权，建立新的抵押关系，或者由抵押人清偿债务，结束抵押关系。
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国有土地上设有抵押权的房屋的征收补偿：http://www.3jise.com/article/18348.html