据悉，土地出让收支还存在一些比较难理解的问题，其中包括：部分地方土地出让收入存在减免缓现象、土地出让支出政策和实施存在缺陷、土地收益增长具有不可持续性，下面就针对以上问题进行详细的解说。

(1)部分地方土地出让收入存在减免缓现象。从全国调研情况看，各地直接减免土地出让收入的问题大幅减少，但征收不到位、变相减免和低价出让问题仍然比较突出。主要表现为，部分地方违规减免土地出让收入。一些地方政府为了招商引资，通过变相减免、压低价格出让、漏征、欠征、先征后返、 以奖代投、补贴等形式返还土地出让收入；一些地方将应以招拍挂方式出让的经营性用地以协议方式出让；少数地方存在设有过渡户以及由开发区管委会等非财政部门收取土地出让收入的问题；很多地方没有按要求实行“净地”出让，拆迁安置款、代建款抵顶出让收入和企业拖欠土地价款时有发生。

(2)土地出让支出政策和实施存在缺陷。表现为以下几点。

一是土地出让支出规定不明确。由于土地出让成本和收益没有明确界定， 以及对土地出让收入到底应多少用于城市基础设施建设没有定额定量及使用规范，为地方政府将土地出让收益的绝大部分用于城市建设打开了方便之门。2009 年和2010年土地出让支出中城市建设的比例分别为27.1%和27. 90/0，如果扣除成本支出，土地出让收益支出中用于城市建设的比例分别高达77. 6%和76. 9%。

二是新增建设用地土地有偿使用费政策存在缺陷。新增费征收标准、农业土地开发资金计提标准从2006年至今未做调整，而全国105个主要监测城市2010年末地价总体水平比2006年增长了86. 6%，新增建设用地土地有偿使用费计提标准明显偏低。另外，按照《土地管理法》规定，新增建设用地土地有偿使用费全部用于耕地开发，但后来国家又相继出台农业土地开发资金、廉租住房保障资金等从新增建设用地出让收入中计提、列支，造成新增建设用地土地有偿使用费使用政策重叠。

三是土地出让收入存在不按规定支出问题。一些地方将应用于城市基础设施建设的资金部分地用于基础设施建设、偿还政府及企业债务、兴建楼堂馆所、弥补公用经费、违规计提偿债资金等，未按规定从土地出让收人中足额计提或安排农业土地开发资金、廉租住房保障资金、国有土地收益基金以及支出慢等问题普遍存在。此外，土地出让收益中计提的专项资金分布与资金需求不匹配问题也比较突出。如，北京、上海一些中心城区已无农田，农业土地开发资金提取后无处使用，存在资金闲置浪费现象。从土地出让收益中计提教育资金和农田水利建设资金也将面临类似问题。

四是土地储备资金管理不尽合理。从调研情况看，由于财政安排的资金和计提的国有土地收益基金严重不足，而收购储备的成本往往要土地出让后，财政部门才能从土地出让收入中拨付，大多数土地储备机构靠大量贷款进行土地收购储备，侵蚀了土地收益；同时，很多土地收购储备机构还承担了地方政府莳融资功能，将主要以贷款方式取得的土地储备资金用于股权投资、出借和市政设施建设等，使未来偿债风险较大。财政部调查发现，截至2009年底，广州市土地开发中心贷款余额为386. 33亿元，为2009年土地出让收入的119%。

(3)土地收益增长具有不可持续性。自2000年以来，土地出让收入经历了10多年的快速增长，但是，土地出让收入在年际间的变化也存在波动。随着土地有偿使用制度的完善、土地市场化水平提高，土地特别是存量建设用地的取得成本将大幅上升，与土地市场价格不断接近甚至相等，同时，随着土地供应中新增建设用地比重的降低和存量建设用地比重的上升，土地取得成本的上升趋势难以逆转，城市政府土地收益空间也必然收窄。

另外2015年，为了加大对违法用地的打击力度，依法征收土地出让收入，避免土地出让收入流失。同时，扩大国有建设用地有偿使用范围，完善工业用地供应方式，建立有效调节工业用地和居住用地合理比价机制。更是进一步落实土地出让收支管理政策，盘活土地出让收支存量资金，提高资金使用效益，加大对土地供应及收支管理的审计监督力度，建立健全土地供应及收支信息公开制度，自觉接受社会监督。