湿地生物多样性，既丰富又复杂。湿地的物种丰富，包括病毒、细菌、真菌、藻类、地衣、苔藓、蕨类及种子植物，动物中的无脊椎动物、脊椎动物，湿生或水生种类所占的比例相当大。 

细菌和病毒的物种多样性十分重要，一些有益的细菌被人类利用，而有害的病毒和细菌，严重地威胁着人类的生存，人们对它们的研究甚少，主要研究是在医药方面。SARS 等病毒使亚洲和全世界为之恐慌，对这些有害生物，至今还是出现一个研究一个，缺乏系统的研究，实际上它们的变异也大而频。 

我国对真菌研究有一定的基础，著名生物学家戴芳澜对中国孢子植物的研究，在中国是富有开创性的，现在已有一批学者继续进行着这方面的工作。据统计，全世界已知粘菌门、真菌门、卵菌门约为63 679种，其中以子囊菌为最多。中国已知这三门物种约为7 838 种，约为世界物种的12.30%，这些研究仍显不足。

卵菌和真菌物种数的比较，其中较多的种为锈菌，全世界已发现1 100种，中国则为6 000种，远远高于世界。

海水藻类的数量是惊人的，全球约有15 000种，淡水藻类数量更大，达20 130种，但中国淡水藻数量较小，约8 979种，约为全球淡水藻种类的44.60%。 

藻类和真菌的共生体地衣，在生物进化中是一重要阶段。在物种多样性上，也表现得相当特殊。全世界约有地衣20 000种，中国约有2 000种，为世界地衣总种数的1/10。 

动物界的物种多样性，统计也有困难。如昆虫，已知物种数和可能物种数还有非常大的差异。有人认为昆虫是世界上最大的生物类群，其物种数约有3 000万种，但统计的数量为92万种，约为估计数的3.06%。在昆虫这一类群中，尚有无数物种未被发现，或者没有记录。

无脊椎动物是一大门类，在湿地中的种类、数量和分类极为复杂。在类节肢动物门甲壳纲中，我国有蟹类600余种、虾类300余种、磷虾42种。贝类中的类型也很多，有双神经纲、腹足纲、掘足纲、瓣鳃纲、头足纲等，各纲都有许多门类。 

湿地中的浮游动物，在中国有轮虫类250种、枝角类140种、桡足类200种，总计达590种。底栖动物有原生动物门、多孔动物门、腔肠动物门、扇形动物门、线形动物门、担轮动物门、环节动物门、节肢动物门等多种门类，常见的种类有：肉足虫、海绵、水螅、 沙蚕、龙虱、水螨、蜉蝣、水蚯蚓等。

这些湿地物种，有一些对人类并不十分有利，但绝大部分物种，是我国宝贵的资源，至少它给生态系统的构成与运行提供了许多帮助。