水资源保护政策是指国家在一定时期确定的为保证水资源可持续利用的需要而采取的方针和措施。从政府角度看，大体可分为收费政策、税收政策、支出政策及其他政策等。

1.收费政策

收费政策主要包括以下几种：

①补偿性收费：从政府承担的水资源保护责任和行政规费的性质，为完成政府水资源保护责任，满足政府的勘测、调查评价、保护、管理水资源等公共事务方面的需要，应征收旨在恢复水生态环境和保护水资源的补偿费。

②产品收费。是在生产消费中，或者在产品或其包装成为废物时，对有害环境的产品征收的费用或税收。通过提高有害原料的成本，产品收费鼓励生产者和消费者更换对环境更为安全的产品。

③水资源使用费。是国家基于水资源所有权，针对开发利用水资源取得收益的行为征收费用。水资源是国有资源的收益，是所有权保护的具体化。征收水资源使用费或税可以平衡使用水资源的收益差别，避免国有资源使用收益的流失。

2.税收政策

税收主要包括以下几种：

①排污税。是同所导致的污染的实际数值（或估计值）直接相关的税收支付。排污税一般一次只针对一种类型的排放征收。它们同排污链的最后一个环节直接相关，即实际排放到环境中某种物质的环节，并且由于高昂的排污监测成本和管理成本，排污税只适用于固定的点源。

②产品税。当无法对排放进行直接测度时，产品税可以作为排污税的替代。

③差别税。它同现有间接税的变化形式相关，比如出于环境目的征收的货物税、销售税或价值增值税等生产和消费过程中损害环境的物品或服务的课税可能会重一些。

④税收减免。它包括所得税体制中用于鼓励消费者或企业的某些行为的不同条款。税款减免的最一般形式是加速折旧，但许多国家同样也为某些形式的投资提供投资税减免，例如对污染控制设备，或者是科研与开发等。

3.财政性支出政策

①财政支出。水资源保护是主要由政府来完成的公共服务，是由财政支持的政府职能。世界上几乎所有的国家都在政府财政预算中安排了水资源保护资金。如美国通过水污染防治法授权了每年的水污染防治资金，用于政府在水污染防治上的管理、信息收集、宣传以及用于对水污染治理设施的补贴等。政府财政预算应以能完成年度水资源保护目标为前提，并根据中央财政和地方财政能力合理分摊。

②财政转移支付。在实行分税制的单一制国家，为支持地方完成某项公共事务的需要，中央政府给地方政府一定的财政补贴，这种中央政府向地方政府转移财政性资金使用权的形式，称为财政转移支付。财政转移支付已经作为中国政府的一项重要财政手段。在水资源保护上，一些跨行政区水体的综合治理需要采取转移支付的手段，由中央和地方共同进行治理。

③财政补贴。补贴是政府及其纳税者为实际或潜在的污染者提供的财务刺激。补贴可用于鼓励污染削减或缓和管理的经济影响。补贴通常采取拨款、贷款或税收津贴的形式。并非所有的补贴都具有正面环境影响，而且一些补贴可能鼓励高代价的和不良的发展。美国森林服务的“低于成本的木材销售”，回收的资金不及制造木材的成本，为我们提供了一个带有不良后果的补贴的例子。 削减补贴通常是提高环境质量而不对纳税人增加新的负担的有效方法。

除此之外，在水资源保护方面，还有一些其他的政策，如押金退款制度、 许可证交易、契约责任制度和信贷支持等。