农村土地确权登记发证流程如下：
一、土地权利申请人
需提交：
（1）权属来源证明
（2）单位设立证明或个人身份证明
（3）地上建筑物及其他附着物的合法产权证明
（4）法律、法规、规章规定需要提交的其他文件资料（出让合同、出让金等规费缴讫证明、土地部门出具的勘测定界图、规划部门出具的规划红线图、变更登记和他项权利登记需要提交原土地证书）
二、地籍调查
经受理人初审权属来源证明合法后，胡乱测绘队伍五个工作日内进行地籍测绘和权属调查，指导本宗地及邻宗地单位法人代表进行指界、签章。由具有测绘资质的测量队伍绘制符合地籍调查规程要求带有坐标的宗地图。
三、权属审核
对宗地图及地籍调查结果、权属来源进行审核。对权属来源合法、出让金等规费缴讫、面积准确、无权属争议的，在宗地图上加盖审核合格印章后，五个工作日内打印土地登记申请书、审批表、土地登记卡、归户卡、土地证书，依次由地籍科长、分管局长、局长进行审查、审核、审批签字。
四、注册、注销登记
经审查、审核合格后进行注册登记或注销登记
五、颁发证书
权利人持地籍科出具的缴费通知单，到财务科交款后，由办公室加盖分局公章及烟台市人民政府土地登记专用章（四），领取土地所有权、使用权或他项权利证书（须在原土地证书变更词栏加注他项权利类型及期限）
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农村土地确权登记发证流程图：http://www.3jise.com/article/15950.html